Αρμόδια όργανα για τη λειτουργία του ΔΠΜΣ σύμφωνα με το ν. 4485/2017 είναι:
1. Η Ειδική Διιδρυματική Επιτροπή (ΕΔΕ): Είναι εννεαμελής και αποτελείται από:
Ο πρόεδρος της ΕΔΕ έχει την ευθύνη σύνταξης των πρακτικών των συνεδριάσεων της ΕΔΕ και ο Δ/ντής του ΔΠΜΣ των εισηγήσεων της ΣΕ. Ο Πρόεδρος της ΕΔΕ, όπως και ο Διευθυντής του ΔΠΜΣ, προέρχονται από το Τμήμα που έχει τη διοικητική στήριξη του Προγράμματος. Ύστερα από αιτιολογημένη απόφαση της ΕΔΕ, Πρόεδρος ή/και Διευθυντής του ΔΠΜΣ αναλαμβάνει μέλος ΔΕΠ από άλλο συνεργαζόμενο Τμήμα από αυτό που έχει τη διοικητική στήριξη του ΔΠΜΣ.
2. Η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ) του ΔΠΜΣ: Απαρτίζεται από πέντε (5) μέλη τα οποία έχουν αναλάβει διδακτικό έργο στο ΔΠΜΣ και εκλέγονται από την Ε.Δ.Ε. για διετή θητεία.
Περιλαμβάνει ένα μέλος ΔΕΠ από κάθε συνεργαζόμενο τμήμα και έναν Ερευνητή μέλος του Ινστιτούτου Ωκεανογραφίας του ΕΛΚΕΘΕ. Πρόεδρός της είναι ο Διευθυντής του ΔΠΜΣ. Η θητεία του Προέδρου της Σ.Ε. μπορεί να ανανεωθεί μία φορά.